特殊文字をバーコードリーダ”FBC3840”または”FBC3870　USBキーボードインタフェース”にて出力する事は可能ですか？

はい。可能です。

特殊文字の出力はキーボードインタフェースコントロールを日本語に設定する必要があります。　付属ユーザーマニュアルの23ページの設定方法で、パラメータを“16”にて設定を行なってください。　なお日本語パラメータ“16”はユーザーマニュアルに記載されておりませんので、ご了承ください。